L’abbazia venne costruita tra il 1218 e 1288 per iniziativa dei monaci cistercensi, proprio sulle colline, nel comune di Chiusdino dove San Galgano visse il suo ultimo anno di vita.
Nel 1262 una buona parte dei lavori era terminata, nell’anno 1288 venne consacrata ed i monaci incominciarono a beneficiare di notevole importanza e ricchezza economica.
La carestia del 1328 e poi la peste del 1348 vide i monaci duramente colpiti dal morbo e mise in ginocchio lo sviluppo di Chiusdino.
L’abbazia venne più volte saccheggiata portando un’ulteriore crisi nella comunità monastica. Nel 1474 dopo aver fatto costruire il Palazzo di San Galgano a Siena, i monaci abbandonarono il monastero.
Negli anni l’abbazia venne contesa tra la Repubblica di Siena e il Papato, venne poi affidata ad un abate, ma nel tempo il monastero cominciò un progressivo degrado dovuto alla mancanza del giusto restauro.
Nella prima metà del Settecento il complesso risultava crollato in più parti e quelle restanti, pericolanti. Nel 1786 crollò anche il campanile, nel 1789 la chiesa fu dichiarata sconsacrata e abbandonata.